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Bienvenue sur le site du logiciel R uHMM

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Qu'est-ce que uHMM ?

uHMM est un package R qui construit un modèle de Markov caché de manière non supervisée.

C’est le produit de la volonté des 3 partenaires, ULCO/LISIC, AEAP et IFREMER/LER-BL, de mettre les travaux issus de la publication JSTARS 2015 à disposition des utilisateurs experts ou non experts (en biologie, écologie numérique et classification).

Mots clés: Apprentissage non supervisé - Modèle de Markov Caché - Classification spectrale - Efflorescences d’algues nuisibles - Application au phytoplancton.

Applications

uHMM a déjà été utilisé pour détecter :

  • des efflorescences phytoplanctoniques à partir de données issues de stations ou bouées fixes : MAREL-Carnot, MAREL-Iroise/Molène, MAREL-MesuRho.
  • des zones environnementales à partir d'un Pocket Ferrybox (PFB,AOA) embarqué en Manche Orientale.
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Articles associés

  • Kévin Rousseeuw, Emilie Poisson Caillault, Alain Lefebvre, Denis Hamad. Hybrid Hidden Markov Model for Marine Environment Monitoring. IEEE Journal of Selected Topics in Applied Earth Observations and Remote Sensing, IEEE, 2015, 8 (1), pp.204-213. <10.1109/JSTARS.2014.2341219>. pdf ici
  • Modélisation de signaux temporels hautes fréquences multicapteurs à valeurs manquantes : Application à la prédiction des efflorescences phytoplanctoniques dans les rivières et les écosystèmes marins côtiers . Manuscrit de Thèse de doctorat de Kévin Rousseeuw sous la direction de Emilie Poisson Caillault, Alain Lefevbre et Denis Hamad. soutenue le 11 décembre 2014 à l'université du Littoral Côte d'Opale. pdf ici

Projets associés

  • Convention ULCO/LISIC, IFREMER, Agence de l'eau artois Picardie : co-financement de la thèse de Kevin Rousseeuw, valorisation des outils associés.
  • CPER MARCO : CPER 2014-2020, Contrat de Plan Etat-Région, entre l’Etat et la Région Hauts de France. Mise en place d’instruments et d’outils (enquêtes, indicateurs) pour une approche globale de l’étude du milieu marin, de la ressource et de la qualité des produits aquatiques.
  • JERICO-Next H2020 : Joint European Research Infrastructure Network for Coastal Observatories, renforcer et à élargir un Réseau Européen solide et transparent dans la fourniture de services opérationnels pour la livraison en temps opportun, continu et durable des données environnementales de haute qualité et des produits d'information liés à l'environnement marin dans les mers COtières européennes.

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