Welcome to uHMM R package

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What is uHMM ?

uHMM is a tool to construct an Unsupervised Hidden Markov Model

Descriptif

Cette interface est une volonté des 3 partenaires, ULCO/LISIC, AEAP et IFREMER/LER-BL, de mettre les travaux issus de la publication JSTARS 2015 à disposition des utilisateurs experts ou non experts (en biologie, écologie numérique et classification).

Mots clés: Apprentissage non supervisé - Modèle de Markov Caché - Classification spectrale - Efflorescences d’algues nuisibles - Application au phytoplancton.

L'interface uHMM et son package R sont distribués sur le site du CRAN : ici. Cette interface permet de segmenter des séries temporelles multi-dimensionnelles en événements fréquents, rares et extrêmes de manière non supervisée (sans besoin d'expertise sur le process). Une modélisation de la dynamique de ces événements est proposée par un graphe et sa dynamique (probabilité d'être dans un événement, probabilité de changer d'événement) via un Modèle de Markov Caché.

Déjà utilisée pour détecter :

  • des efflorescences phytoplanctoniques à partir de données issues de stations ou bouées fixes : MAREL-Carnot, MAREL-Iroise/Molène, MAREL-MesuRho.
  • des zones environnementales à partir d'un Pocket Ferrybox (PFB,AOA) embarqué en Manche Orientale.
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Articles associés

  • Kévin Rousseeuw, Emilie Poisson Caillault, Alain Lefebvre, Denis Hamad. Hybrid Hidden Markov Model for Marine Environment Monitoring. IEEE Journal of Selected Topics in Applied Earth Observations and Remote Sensing, IEEE, 2015, 8 (1), pp.204-213. <10.1109/JSTARS.2014.2341219>. pdf ici
  • Modélisation de signaux temporels hautes fréquences multicapteurs à valeurs manquantes : Application à la prédiction des efflorescences phytoplanctoniques dans les rivières et les écosystèmes marins côtiers . Manuscrit de Thèse de doctorat de Kévin Rousseeuw sous la direction de Emilie Poisson Caillault, Alain Lefevbre et Denis Hamad. soutenue le 11 décembre 2014 à l'université du Littoral Côte d'Opale. pdf ici

Projets associés

  • Convention ULCO/LISIC, IFREMER, Agence de l'eau artois Picardie : co-financement de la thèse de Kevin Rousseeuw, valorisation des outils associés.
  • CPER MARCO : CPER 2014-2020, Contrat de Plan Etat-Région, entre l’Etat et la Région Hauts de France. Mise en place d’instruments et d’outils (enquêtes, indicateurs) pour une approche globale de l’étude du milieu marin, de la ressource et de la qualité des produits aquatiques.
  • JERICO-Next H2020 : Joint European Research Infrastructure Network for Coastal Observatories, renforcer et à élargir un Réseau Européen solide et transparent dans la fourniture de services opérationnels pour la livraison en temps opportun, continu et durable des données environnementales de haute qualité et des produits d'information liés à l'environnement marin dans les mers COtières européennes.

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